导读
已有多款靶向药物获批治疗融合基因变异的非小细胞肺癌(NSCLC)，显示出了较高的反应率和持久应答，并改善了患者的生存预后和生活质量。但是，有些NSCLC患者虽然用DNA-NGS检测到了基因融合，却对相应TKI靶向治疗无反应，生存无改善（以ALK融合为例，用DNA-NGS检测到ALK融合的患者中，仍有约20%-40%对克唑替尼治疗无响应)。这种DNA-NGS检测阳性但靶向治疗疗效大相径庭的临床现象，亟待更好的手段来鉴别哪些患者将获益，哪些患者不会获益，以便更精准地指导治疗。
恒特基因长期专注融合基因的精准诊断（点击查看）。针对上述问题，恒特基因助力中医院专家，对3,例非小细胞肺癌开展了大型深入研究，连续在专业权威杂志JournalofThoracicOncology（IF:13.3）上发表两篇文章，不但揭示了DNA-NGS的不足之处（假阴性：这部分患者错过了有效治疗的可能；假阳性：这部分患者接受了无效的治疗且可能延误病情），还从分子机理与功能层面进行了阐述，提出了未来的精准诊断策略。
基因融合/重排、易位是肿瘤驱动变异中一类非常重要的形式。实体瘤中发生基因融合变异的比例约为16.5%-20%，其中约36%可作为治疗靶点。针对ALK、ROS1、MET第14号外显子跳切、RET、FGFR2和NTRK1/2/3等融合靶点，FDA已经批准了多款相应的靶向药物。以非小细胞肺癌为例，FDA和或NMPA已经批准了克唑替尼、塞瑞替尼、阿来替尼、Brigatinib、Lorlatinib和恩沙替尼等药物治疗携带ALK融合的NSCLC患者，具有较高的反应率和持久应答，提高了患者的生存期并改善了生活质量。FDA也已批准了Larotrectinib和Entrectinib两款“广谱”靶向药物，治疗携带NTRK基因融合/重排的成人及儿童泛实体瘤患者，对NTRK基因融合阳性的治疗患者具有高反应率和持久应答，并可持续改善患者生活质量。
RNA-NGS检测能够有效避免融合/重排的漏检
国内外多个队列研究表明基于RNA为模板的NGS（RNA-NGS）检测融合/重排、易位要显著优于DNA为模板的NGS（DNA-NGS）[1,2]：基于DNA-NGS检测为阴性的NSCLC患者中，仍有5%-15%的患者携带可靶向治疗的融合/重排变异（图1），且DNA-NGS检测Panel越大，融合漏检率相对越高。例如：纽约纪念斯隆凯特琳癌症研究中心（MSKCC）的一项真实世界大队列研究中[1]，经MSK-IMPACT基因的DNA大Panel检测为驱动基因变异阴性的例患者，经RNA-NGS又额外检测到了36例常见可治疗的融合/重排变异，经匹配的靶向治疗后，临床获益率达80%。表明这部分泛阴性的患者中基于DNA检测的漏检率达14.2%（图2）。这个RNA-NGS方法正是恒特基因科学家的早期发明。图1.DNA-NGS检测为驱动泛阴性的NSCLC患者中，仍有相当比例携带可治疗的融合基因。图2.MSK-IMPACT基因DNA大Panel检测为驱动基因变异泛阴性的NSCLC患者中，融合基因的漏检率达14.2%。非小细胞肺癌NCCN指南正式推荐的8个治疗靶点中，有5个（63%）为融合/重排、跳读变异，NCCN指南也着重指出[3]：进行广泛的基因检测未发现有肿瘤驱动基因的患者（特别是从不吸烟的患者），应使用基于RNA为模板的NGSPanel进行检测，从而更大程度检出融合事件，避免漏检；DNA-NGS检测可能会漏检ROS1融合，NTRK1和NTRK3融合。更新的V1版NCCN指南指出[3]：NGS检测是METExon14跳读的最主要检测方法，基于RNA模板的NGS方法在METExon14跳读的检测上表现出更多优势；在RET融合/重排的检测上，RNA-NGS检测要优于DNA-NGS检测。
DNA-NGS检测到的融合基因断点无法推测更具有功能意义的mRNA的融合模式
RNA-NGS检测除了能够有效避免融合变异的漏检外，是否还有其他的优势呢？回答这问题时，还得从DNA-NGS检测结果中经常见到的目标基因与基因间区域发生融合的现象谈起。DNA-NGS检测到的基因融合变异中，有一定比例为目标基因的部分序列与基因间区域（IGR，intergenicregion，是位于基因与基因之间的一段非编码DNA序列，有时亦被称为垃圾DNA）发生拼接，即融合的拼接断点位于基因间的区域。融合伙伴为基因间区域的模式为融合变异中的一种重要类型[4]，且广泛分布在多种实体瘤中[5,6]。哈佛大学医学院近期发表的一项癌症中融合/重排变异的大规模研究显示[6]，通过DNA-NGS检测到的13,个融合变异事件中，“基因---基因间区域”融合模式的比例为28%；“基因---基因”融合模式的比例为38%；“基因间区域---基因间区域”融合模式的比例为34%（图3）。图3.癌症中大规模基因融合/重排分析显示，有28%的融合模式为“基因-基因间区域”融合。在临床上，特别是年以来，有大量关于肺癌中“基因-基因间区域”的病例报道[7-14]，而且对相应靶向药物的治疗反应不一，如关于NSCLC中ALK融合模式的最新综述显示[15]，汇总的25例ALK与基因间区域发生的融合病例中，仅有3例报告了对克唑替尼的治疗具有响应（表1）。“基因-基因间区域”融合模式也越来越受到临床及病理专家的重视。表1.近期在NSCLC中报告了大量的ALK与基因间区域发生融合病例。最近有研究表明[16,17]，通过DNA-NGS检测到基因组上基因融合拼接断点信息无法有效预测转录组上的真实融合拼接模式，可能是由于染色体碎裂（Chromothripsis）或是RNA层面上对复杂融合的剪接（ComplexGenomicRearrangementSplicing）等因素造成的。那么，与基因间区域发生的融合是否能够在RNA层面上形成融合产物？最终产物的形式又是什么样的？在DNA水平上检测到的目标基因与基因间区域发生了融合的信息是否能够准确预测出真实的RNA产物呢？在临床上DNA水平检测到的非典型融合伙伴是否真实参与了融合变异的翻译和转录过程并最终能表达出有功能的融合蛋白？相关现象越来越受到临床专家和病理专家的
